1940. aasta 21. juunil toimus Tallinna 21. Algkooli juures eesti kaitsevägede relvastatud vastuhakk Punaarmeele. Sidepataljon, mis pärast kaitsevägede sundloovutamist paiknes koolimajas, keeldus relvi ära andmast, kuni koolimajale suunati raskekuulipilduja toru. Kui siis relvad konfiskeeriti, leidsid eesti sõdurid maja õue peidetud mobilisatsioonirelvad ja olid taas relvis. Kui enne keskööd tulid kommunistid ka valvet üle võtma, ei läinud see neil korda. Maja ümber hakkas hargnema tõsine lahing, mis kestis, kuni jõudis kohale uus sõjaminister ja kuus soomusautot.

Koolielus toimus täielik pööre. Kõik, mis kahe aastakümnega oli saavutatud tunnistati kõlbmatuks. Juba esimesel õppenõukogu koosolekul edastas kooli direktor kõrgemalt tulnud korraldused: kiiresti muretseda koolile kommunistliku partei juhtide ja NSV Liidu riigitegelaste portreed, panna üles nõukogulikud loosungid, võtta tarvitusele sõna “seltsimees”, seada sisse punanurgad, kõrvaldada raamatukogust “kõlbmatud raamatud” (10 000 köitest jäi järgi vaelvalt 300), jälgida, et õpetajate ja õpilaste hulgas poleks kontrevolutsioonilist liikumist, alustada avaaktust “Internatsionaali” laulmisega jne.

1941. kooliaasta algus hilines, koolipinki istuti alles oktoobris. Kommunismimeelsuses kahtlustatav Enn Murdmaa vallandati ja suleti 100 päevaks vanglasse.

Kool elas sõjaaja rahutut ja rasket elu, puudust tunti peaaegu kõigest. Õpilasi keelitati säästma vihikuid (õpilase kohta oli ette nähtud ainult 10 vihikut), tinti, pliiatseid, koguma ajalehti, et neid rindele saata, vanarauda ja konte. Taastusid kooli vanad tavad, kadus ühe nõukogude aastaga tekkinud võlts ja väline paraaditsemine.

Sõda küll laastas koolihoonet, kuid ei muutnud seda rusudeks. Et Tallinna suuremad koolimajad anti saksa sõjaväe kasutusse, pandi õpilased käima teistesse koolidesse. Olukord oli keeruline ja tingimused õppimiseks täiesti ebasobivad. 1943.-1944. õppeaasta lõpetati kohe pärast Tallinna barbaarset pommitamist 9. märtsil. Õpetajad pidid kolme päeva jooksul teatama, kuhu keegi tööle läheb. 1944. aasta sügisel, kui Eestisse olid naasnud Nõukogude väed, sai kool oma maja tagasi, allüürnikud aga jäid.

Esmane oli kool hädapäraseltki töökorda saada. Tohutu plahvatus sadamas oli purustanud peaaegu kõik aknaklaasid, hävinud või kõlbmatuks oli muutunud enamik õppevarast. Füüsikaklassi varandus olla vabalt mahtunud kolme korvi. Õppetöö lonkas mõlemat jalga, põhjuseks sagedased elektrikatkestused, kütmata ruumid, õpikute ja koolitarvete puudumine aga ka õpilaste väga sage koolist eemalejäämine kehva tervise ja raskete koduste olude tõttu.